GIMPの「編集」メニュー内の「可視部分のコピー」は、可視レイヤーの選択範囲内の画像をコピーし、クリップボードに保存する。選択範囲がないときは、可視レイヤー全体をコピーする。
可視部分のコピー

GIMPの「編集」メニュー内に、「可視部分のコピー」はある。
「可視部分のコピー」使用例

3つのレイヤーがある画像。アクティブレイヤーは、「星 赤色」のレイヤー。矩形選択で中央を選択。
この状態で、「編集⇒可視部分のコピー」を使うと、

可視レイヤーである3つのレイヤーの、選択範囲内の画像をコピーする。
コピーした画像は、クリップボードに一時保存する。
「編集⇒貼り付け」や「編集⇒クリップボードから生成」などのコマンドで、再利用できる。