GIMPの「ファイル」メニュー内の、「新しい画像」をクリックし、「新しい画像を作成」ダイアログを開く。

「新しい画像を作成」ダイアログで、「塗りつぶし色」の項目で、「透明」を選択。後から透明なレイヤーを追加しても同じ。